Το όνομα της νήσου “Θήρα” προέρχεται από τον αρχαίο Σπαρτιάτη Θήρα που από τη Σπάρτη προερχόμενος αποίκησε πρώτος τη νήσο αυτή. Το δε όνομα “Σαντορίνη” προέρχεται από τους διερχόμενους Φράγκους Σταυροφόρους οι οποίοι κατά το πέρασμα τους στέκονταν για ανεφοδιασμό κοντά σε εκκλησία της Αγίας Ειρήνης, που βρίσκεται στη σημερινή περιοχή της Περίσας πίσω από τον ιερό ναό του Τιμίου Σταυρού (την αποκάλεσαν Σάντα Ιρίνα), η οποία υπήρχε στο νησί. Αρχικά υπήρχε η άποψη ότι η εκκλησία αυτή ήταν το παρεκκλήσι της Αγίας Ειρήνης που υπήρχε στη Θηρασιά, σήμερα θεωρείται πιθανότερο να πρόκειται για τη μεγαλοπρεπέστατη παλαιοχριστιανική τρίκλιτη βασιλική της Αγίας Ειρήνης στη Θήρα, τα ερείπια της οποίας ανακαλύφθηκαν το 1992. Πριν τη μεγάλη ηφαιστειακή καταστροφή των προϊστορικών χρόνων η νήσος ήταν στρογγυλή και είχε το όνομα Στρογγύλη, ενώ αργότερα απέκτησε τα ονόματα Καλλίστη ή Καλλιστώ (Αρχαία Ελληνικά καλλίστη: “η πιο όμορφη”), Φιλητέρη ή Φιλωτέρα, Καλαυρία, Καρίστη, Τευσία, Θηραμένη καθώς και Ρήνεια. Επί τουρκοκρατίας οι Τούρκοι την ονόμαζαν “Δερμετζίκ” ή “Διμερτζίκ” (= μικρός μύλος), πιθανώς από τους πολλούς μικρούς ανεμόμυλους που ξεχώριζαν από μακριά.
Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας επίσημα καθιερώθηκε το όνομα “Θήρα”, πλην όμως οι ξένοι χάρτες συνέχισαν να την ονοματίζουν “Σαντα-Είρηνα” από την οποία και παρέμεινε με μικρή παραφθορά από τους Έλληνες ως “Σαντορίνη”.